Szerintem két alapvető ok van:
1. Az igekötők állhatnak külön az igétől, a ragok nem.
Az "Átvittük." és a "Vigyük majd át!" mondatokban szereplő igekötő egy és ugyanaz.
Hogy része-e az igének, azt egyszerűen a mondat szerkezete dönti el. De az igekötő ilyenkor nem egyszerűsödik le, nem változik meg. Az viszont, hogy külön is szerepelhet, megvédi az alakját, hiszen egy önállóan hangsúlyozott szóra semmilyen harmonizáló tendencia nem érvényesül.
Úgy is lehet fogalmazni, hogy az igekötő és az ige valójában nem egy szó, csak ha egymás után kerülnek, akkor az ige elveszti a hangsúlyát (és ezt jelöljük a helyesírással).
A ragoknál ez nem így van, az nem állhat önállóan, mindig része a ragozott szónak. (Lehet, hogy történetileg kimutatható egy önálló párja, de ez már egy "döglött" kapcsolat: az alak sem és a jelentés sem azonos.)
2 A ragok jóval korábbiak a magyar nyelvben, mint az igekötők, és a hangrendi harmónia a magyar nyelvtörténet későbbi koraiban már kevésbé érvényesül.
Én úgy tudom, az ősmagyarban ha nem is tökéletes, de nagyon erős volt a harmónia. A legtöbb szótő hangrendileg tiszta volt, és a toldalékok illeszkedtek. Talán ebben a sokáig főbb kontaktust jelentő török nyelveknek is volt szerepe, hiszen azokban is van palatális-veláris harmónia. Az utána következő korokban (felteszem, a rengeteg, különféle nyelvből átvett új szó miatt, illetve olyan hangtani változások miatt, mint a feltételezett veláris i eltűnése) nagyon sokat gyengült ez a tendencia: nagyvonalakban minél későbbi egy átvett vegyes hangrendű szó, annál kisebb az esélye, hogy a "honosítás" során a hangrendje harmonizálódott. A kegyelemdöfés valszg. a felvilágosodástól kezdve a műveltségi átvételek tömkelege, majd a jelölt szókapcsolatok helyett elszaporodó szóösszetételek adták meg. Mára a harmónia kb. annyiban merül ki, hogy a többalakú toldalékokból a hangrendileg megfelelőt választjuk.
A ragok már az ősmagyar korban biztosan elkezdtek kialakulni. Bár pont a bevezetőben említett határozóragok viszonylag későn grammatizálódtak ragként, de pl. a Halotti beszéd tele van velük. Ebben egy köztes állapot figyelhető meg (nincs hangrendi illeszkedés: milosztben; nem alakult még ki a hangsúlytalan, egyszótagú forma: világ belé), de a folyamat már javában zajlott, és a többi, hangrendileg illeszkedő rag biztosan erős analógiás hatást fejtett ki (pl. bűnét vs. urat).
A Halotti beszédben még nincsenek igazi igekötők (az egyetlen szerkezet, amit a későbbiekben igekötőnek nevezünk: migé szakasztja). Az igekötők maihoz hasonló rendszere ómagyar kor folyamán alakult ki, több lépésben. Először csak közvetlen jelentésben (mozgás iránya), majd állapot leírására, legvégül a pusztán a jelentést, aspektust árnyaló használatban (pl. befejezettség). Igekötők mind a mai napig jönnek létre - olyanokra gondolok, mint a félre, szét, tönkre.
Az igekötők elterjedése és különösen a befejezett aspektus kapcsán megkockáztatom, hogy ez viszont a szláv kapcsolatok eredménye - legalábbis nehezemre esik elképzelni, hogy a befejezettség jelölésére a környező nyelvekhez teljesen hasonló rendszer tök véletlenül alakult ki, miközben a korábban ezt megoldó igeidő-rendszer összeomlott.
