Nem nagyon tudok arról, hogy lenne ilyen. Egyrészt, ahogy írtad is, az mp3 illetve az ogg vorbis veszteséges tömörítési eljárások. A minőség attól függ, milyen mértékben tömörítették a hanganyagot. Utólag jobbá tenni nem lehet, hiszen az erősen tömörített formátumból sok információ elveszett, hiába választunk utólag kisebb tömörítési rátát, a kevés információt tartalmazó hanganyagba nem lehet beleálmodni, mi volt az első tömörítés előtti információtartalom.

A hangzás beállításán gondolom a spektrumra gondolsz, tehát valamiféle equalizerre. Ilyen programot nem tudok, de ha ez lenne a feladatom, én azt csinálnám, hogy írnék egy shell script-et, amely egy ciklusban olvasná fel a számokat, egy text file-ból az equalizer adott számhoz tartozó beállítását. Egy parancssoros lejátszóprogrammal kitömöríteném az mp3 file-t a standard outputra, melyet valamilyen equalizer-be pipe-olnék, amelynek a beállításait ugye megnyerte az equalizer a text file-ból. Ennek kimenetét pedig egy parancssoros lejátszóprogramba pipe-olnám, amelyik a hangszervernek küldené a hangot. Viszont az equalizer textfile-jának a megírása minden egyes számra elég strapás lehet, úgy lennék vele, csinálja, akinek hat anyja van.

Linuxon ez viszonylag egyszerűen kivitelezhető, már feltéve, ha az ember talál egy parancssoros equalizert.