Mária Dorottya evangélikus vallású volt, ami a szigorúan katolikus Habsburg-családban megütközést keltett. Gyermekeit, a Habsburg császár unokaöccseit, unokahúgait a pápa rendeletére szigorúan katolikus szellemben kellett nevelnie, bár maga rossz véleménnyel volt az osztrák udvar spanyol szellemű, merev és konzervatív katolicizmusáról.

Amikor József nádor 1847. január 13-án meghalt, a bécsi udvar azonnal megtiltotta az özvegy nádornénak, hogy a budai várban maradjon. Metternich kancellár utasítására már január 25-én el kellett hagynia ,,magyar hazáját". A kegyetlen intézkedés nemcsak a budai evangélikus gyülekezettől, hanem három kiskorú gyermekétől is elszakította.
megjegyzem érdekes hogy ugyan úgy elvették a gyermekeit mint Stefániánál. Később gyermekeit visszakapta, de csak katolikus módon nevelhette őket.