Igazából a mai országfogalommal nagyon nehezen értelmezhető, hogy a Habsburg-birodalom voltaképpen hány ország is volt.
Egyrészt osztrák császári cím csak 1804 óta létezik, előtte a Habsburgok a Német-római Birodalom császárai voltak, ami azonban egyrészt a veszfáliai béke (1848) után már csak névlegesen létezett 1806-os megszüntetéséig, másrészt a Habsburg-birtokok egy része nem is tartozott bele: Galícia, Bukovina, az itáliai területek (és persze Magyarország). Ellenben a Német-római Birodalomnak a Habsburg örökös tartományokon kívüli területeit nem szokás a Habsburg-birodalomhoz sorolni.
Magyarország helyzete még inkább nehezen meghatározható. Egyrészt 1526-ban még nem került egy kézbe a császári és a magyar királyi cím, hiszen a német-római császár továbbra is V.Károly volt, I.Ferdinánd osztrák főherceg ekkor még csak a cseh és magyar királyi címet szerezte meg, (Csehország választófejedelemség volt a Német-római Birodalmon belül, a XVII. században a Habsburg örökös tartománnyá minősítették), Károly 1556-ban mondott le a császári címről testvére javára.
Az uralkodókat külön koronázták német-római császárrá és magyar királlyá, eltért a sorszámozásuk is (II.Miksa - I.Miksa, II.Rudolf - I.Rudolf, VI.Károly - III.Károly, II.Ferenc - I.Ferenc), sőt Mária Terézia csak magyar királynő volt, a császári címet férje, Lotharingiai Ferenc, majd fia II.József viselte. A német-római császárok közül valóban egyedül ő nem koronáztatta meg magát magyar királlyá.
Magyarország igazgatása is sajátosan alakult, tulajdonképpen a perszonálunió és a reálunió közötti állapot alakult ki, megvolt a saját rendi országgyűlés és így a saját törvények, ugyanakkor működött Budán helytartótanács, valamint Bécsben a kancellária hatásköre is kiterjedt a magyar közigazgatásra.
Az ország a XVII. századtól nem is egységesen volt Habsburg uralom alatt, hiszen Erdélyt külön kormányzóságnak, majd nagyfejedelemségnek tekintették, délen pedig 1699-ben (miután a Temesköz kivételével kiűzték a törököt) kialakították a katonai határőrvidéket, melyet Bécsből igazgattak. 1718-ban pedig a felszabadított Temesközben létrejött a Temesi Bánság, bár ennek különállása 1778-ban megszűnt.
Külön vitatéma Horvátország 1526 utáni státusza: a magyar felfogás szerint a Habsburgok a magyar korona jogán uralkodtak felette, a horvátok szerint viszont a horvát-magyar perszonálunió helyett a Habsburg-dinasztia kezébe került a horvát királyi cím.
1815-től a bécsi kongresszus ugyan szabályozta a diplomáciát, viszont a Habsburgok a régi felfogást továbbéltetve nem az ország, hanem az uralkodó képviselőinek tekintették a diplomatákat, így továbbra is nehéz tisztán látni.
1804 óta létezett az osztrák császári cím, ami továbbra sem jelentett egyet a magyar királyi címmel (I.Ferdinánd - V.Ferdinánd, I.Károly - IV. Károly). Az Osztrák Császárság része lett a Német Szövetségnek, azonban bizonyos osztrák császári tartományok (Galícia, Bukovina, később Dalmácia) nem tartoztak bele a Német Szövetségbe.
1848-ban lényegében perszonálunióvá kívánták alakítani Ausztria és Magyarország kapcsolatát (illetve a közös külpolitika is megmaradt volna), majd 1849-ben jött a trónfosztás és a Függetlenségi Nyilatkozat. A szabadságharc leverése után Magyarországot be kívánták tagozni az egységes birodalomba, a magyarok viszont nem ismerték el Ferenc Józsefet, mivel nem koronáztatta magát magyar királlyá.
1867-ben az Osztrák-Magyar Monarchia létrejötte rendezte a helyzetet, közös uralkodó (osztrák császár és magyar király), közös hadsereg és külpolitika, ezekhez közös minisztérium, viszont külön kormány és törvényhozás.
Ekkor állt helyre a magyar területi integritás is, Erdélyt 1868-ban egyesítették újra Magyarországgal, a határőrvidéken az 1880-as évek elejére teljesen visszaállt a magyar polgári közigazgatás, Horvátország pedig 1868-ban részleges autonómiát kapott a Magyar Királyságon belül.
