A repülővel történő utazásra speciális szabályok vonatkoznak. Minden schengeni ország repülőterein fizikailag el kell különíteni az ún. belső és külső járatokat. Belső járatnak minősül minden olyan járat, amely schengeni tagállamból schengeni tagállamba repül anélkül, hogy nem schengeni tagországban megszakítaná útját.

Külső járat minden olyan járat, ami nem schengeni országból schengeni tagállamba érkezik, vagy schengeni országból indul nem schengeni országba. (itt is érvényes, hogy az Egyesült Királyság és Írország nem schengeni tagállam, Norvégia és Izland viszont az. Nem biztos, hogy az újonnan EU-hoz csatlakozott országok mindegyike schengeni tag lesz, Bulgária és Románia egy ideig még biztosan nem.)

A külső járatok esetében van személyellenőrzés (ún. határforgalom-ellenőrzés) méghozzá akkor, amikor a schengeni repülőtérre megérkezik a gép, illetve mielőtt a schengeni repülőtérről induló gépbe beszállnánk. Természetesen az EU-állampolgároknak a már említett minimum ellenőrzés az irányadó szabály.

A belső járatoknál nincs személyforgalom-ellenőrzés, tehát útlevélkezelés nélkül bejuthatunk a géphez, illetve a repülőtér érkezési várójáig. Van viszont utasbiztonsági ellenőrzés, vagyis poggyászok és személyek átvilágítása. Ez ugyanis az utasok és a repülőgép biztonságát szolgálja és nem beutazási szabály.