Uff, Paleokrites, mintha egy kicsit összezavarodtál volna!
Valóban sok a platonista meg egyéb görög filozófiai elem Jánosnál, ami aztán szép misztikus ködbe burkolózik itt az elején.
Amit te mondasz, az a tipikus példája a racionális, bal agyfélteke erőlködésének. Ne tedd! Így nem fogod megérteni, a két résznek egyszerre kellene működnie, ehhez valami tudatmódosítást ajánlok (egy kis bor :))) de a meditáció egészségesebb. A nőknek ez általában könnyebben megy.

Azért válaszolok.

Kezdetben volt az ige, aki isten volt egy másik Istennél....., de minden eme ige által lett és nélküle semmi nem lett....., ami lett....., DE Ő HOGYAN LETT A KEZDETEKBEN Istennél?

Nem Isten volt egy másik Istennél. Az Isten fogalma nem egy szokványos entitást takar, hanem egy olyan elvont szellemi fogalom, amelybe belefér a fenti "érthetetlen" dolog. Ott rontják el, hogy Istent valami szupermennek képzelik, így azonban értelmetlen az egész. Az hogy az Ige kezdetben Istennél volt, egy kiindulópontra utal. Kell egy pont, ahonnan elindul a történet, jelen esetben ez az a pont, ahol az Ige és Isten szétválaszthatóak lesznek. Mivel ez történik, az író jogosan utalhat arra, hogy előtte nem voltak megkülönböztethetőek. De ez a mi szemszögünből van, így kell értelmezni, hogy így látjuk, ezt tudjuk róla mondani, nyilván a dologban sok mindennek kell lennie, de a megértésünk erre korlátozódik nyelvi szinten.

Ha az igében van az élet és a világosság, akkor miképpen halnak meg az emberek és miért nincsen fény a sötétségben és mi az a sötétség az embereknél, hogy meg kelljen világítani?

Megint tipikusan kevered, halmozod: "ige, élet, világosság, stb" mintha minden mindegy lenne, minden fogalom egyforma lenne, pedig tudod, hogy nem az.
A halál miért zárja ki a világosságot? Nem értem... Az, pedig, hogy a sötétség nem emészti fel a fényt, miért jelentené azt, hogy nincs fény a sötétségben?

A sötétség az embereknél az az állapot, amikor a gondolkodás elfajul és inkább engedelmeskedik a mély, ösztönös állapotnak (sötétség), mint a belső megértésnek (világosság). Tudom, rossz a kifejtésem, de azért valamennyire rávilágít a dologra.

tudás nélkül pedig Isten is buta maradna
Mondom, Isten nem antropomorf lény, sem nem szuperego vagy valami hasonló. Nincs olyan, hogy "Isten tud vagy nem tud valamit" - ez az Isten fogalmában nem értelmezhető. Más szabályok érvényesek.