Nem igazán értem a problémád egyik részét (milyen user nevében fut a program?).
Mindenesetre normális PHP-scriptek futnak, tehát az a user:group kombináció az igaz, ami a Web-szerverre is az. Az apache config file-jében tudod megnézni (már ha pont Apache van ott, ahová a squirrel-t tetted). Leírva ugyanez a squirrel csomag INSTALL nevű file-jában van, ahol azt magyarázzák milyen owner-t kell definiálnod pl. a data directory-nak.
Remélem ez az infó elég a problémád megoldásához, mert nálam a squirrel egy sima sendmail-lel és imapd-vel dolgozik együtt, így a cyrus lelkiéletét nem ismerem.
schgy