Ugyanez volt velem is, csak RH9 és Gnome alatt. 1.2.1-et upgradeltem 1.3-ra. Az 1.3 egyáltalán nem ment, akkor sem ha töröltem a home-ból a .mozzila-t és a /usr/lib/mozilla, valamint a /usr/lib/mozilla-1.2.1 könyvtárakat. Downgradenél is csak akkor ment az 1.2.1, ha ezeket (illetve értelemszerüen ekkor a /usr/lib/mozilla-1.3 könyvtárat) kitöröltem teljesen.
Viszont a /usr/lib/mozilla-1.3 könyvtárból indítottam mozilla-bin-el akkor ment. A /usr/bin/mozilla egy script, ami összeszedi a plugin-eket és egyéb dolgokat. Ebben akadt el az indítási folyamat, méghozzá a check_running() függvénynél. Ugye, ha meg mozilla-bin-t indítottam, akkor nem voltak meg a beállítások és plugin-ek, azaz használhatatlan volt :-(
Viszont nekem csak az 1.3-as csinálta, az 1.3.1-el tudtam upgradelni az 1.2.1-et és most működik.
Talán valaki aki, jobban ért a scriptekhez ki tudja deríteni a problémát!