Kezdünk közeledni a problémához:-)
Tkp te azt akarod kérdezni, hogy a Java-ban a BufferedReader milyen protokollal küldi/fogadja az adatot. Ezt én sem tudom, de ha érdekelne, akkor fognék egy network-monitort és megnézném.
Másik lehetőség: hogyan kell olyan Java kódot írni, ami nem használ 'saját protokollt', hanem egyszerűen adott címtől adott számú byte-ot küld/fogad...