***És ne vedd ezt vitának, nem az a kérdés, hogy hogyan tudod ezt utólag megindokolni. Hanem arra lennék kíváncsi, hogy hogyan jutott ez az eszedbe. Hogy hogyan jött ez ki neked eredetileg.

Dejóóó, akkor kiradírozom, amit erről eddig írtam... :P
Mindenesetre belátom, megint másként kellett volna fogalmaznom... :)
A "gyakorlatilag összes" az, hogy gyakorlatilag tekinthetjük úgy, mintha az összes betű megváltozott volna.

Példaként nézzük ezt a gént: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JQ968430.1?report=fasta&to=999
Ezt beleképzelheted bármely betűtengerbe, lefedve akkora területet, amekkorát a gén elfoglal. Akár meg is számozhatsz minden pozíciót, megjelölve azt, hogy itt milyen betű van eredetileg, és milyen betű van a génben. (Ezt kíváncsiságból elkövetheted egy csomó, teljesen más "kiinduló" területtel is.) :P

Ha tovább akarod fárasztani magad, akkor megnézheted, hogy a 999 közül ténylegesen hány (999-x) db betűt kell cserélni valamely betűtengerben ahhoz, hogy ez a génszekvencia jöjjön össze.

Nyilván, rengeteg helyen kell cserélni (pl.: ...24. A>C, ...67. C>G, ...991. T>C.......). S persze lesznek helyek, ahol "nem muszáj" cserélni, mert egyezés van; pl.: ...644. A=A, .......stb.

Ám, amiket nem kéne cserélni, azokkal se lenne célszerű pepecselni. A lényeg ugyanis, hogy minden helyen meg kell hozni egy döntést a két verzió közül:
a) "itt megfelelő betű van, nem kell cserélni",
vagy
b) "itt nem megfelelő betű van, cserélni kell".
(De jaaajjjjajjj, már megint itt van ez a "megfelelő" szó, bele lehet őrülni...)

A döntések száma gyakorlatilag azonos a vizsgált pozíciók számával, vagyis, döntést nem lehet megspórolni. S ha már dönteni mindig kell, gyakorlatilag közömbös, hogy melyik pozíciónál melyik döntést (megállapítást) kellene meghozni.
Ennyi.