" Hyper-V,... a storage kerül szüneteltetett állapotba,... Mi okozhatja a jelenséget?"

Én inkább vmware-t használok, annak vannak értelmzhető log-jai.
Ha ez nem segít, akkor cseréld le a tárolót egy másikra és figyeld, hogy az is hibázik-e.
De sokszor elég csak annyi, ha ránézel (pl hőkamerával) a hibázó tárolóban a memória chipek hűtésére.

"ha site2site VPN-t akarunk összerakni "

Hibás alapkoncepció.
Ha valamit meg lehet oldani VPN nélkül, akkor mindenki gyanús, aki azt mégis mindenáron VPN-nel akarja megoldani.
Sőt, maga a titkosítás erőltetése is lustaság-gyanús. Akkor jó egy rendszer, ha nincs szükség titkosításra, mégis hülyebiztos.

"Exchange 2007 -ról szeretnénk a legkevesebb lépésben, Exchange 2019-re upgradelni."

Már az exchange-re rászokás is hiba volt szerintem, most itt az ideje leszokni róla :) Hozz létre egy teljesen új rendszert és csak a postafiókokat költöztesd át oda. (én ezt imapsync-sel csinálom, nemrég költöztettem 50 postafiókot kb 100.000 levéllel mindössze kb két óra alatt)

"nem engedi neki elmenteni a jelszavát az RDP file-ba. Mi okozza ezt a problémát?"

Ilyen problémákat nem megoldom, habnem megkerülöm (pl teamviewer).  Talán az mstsc.exének nincs írási joga oda (error log?).