A 19. században nemcsak az USA-ban voltak véres indián háborúk, de a szomszédos Mexikóban is (földrajzilag Észak-Amerika, így nem OFF itt sem).
Ezek közül az északnyugat-mexikói Sonora szövetségi államban vívott yaqui háborúk és a délkeleti Yucatán-félszigeten vívott maja háborúk tartottak a leghosszabb ideig és ezeknek a leverése került a legtöbb pénzébe és katonájába a mexikói kormányzatnak.
A yaqui háborúk az 1830-as évektől a századfordulóig kisebb-nagyobb megszakításokkal szinte folyamatosan tartottak.
A mexikói szövetségi hadsereg csak nagy erőket koncentrálva bírt el a yaquikkal.
1886. márciusában pl. már három, egyenként kb. 1.200 fős hadoszlopot vezényeltek ki ellenük, 3 db. korabeli kezdetleges golyószórót, ún. mitrailleuset is bevetettek a felkelő indiánok ellen.
Végül Porfirio Díaz elnök (és diktátor) csak tömeges deportálásokkal tudta megtörni a yaquik ellenállását, több mint 10 ezer yaqui indiánt deportáltak a Yucatán-félszigetre, ahol napkeltétől napnyugtáig az ültetvényeken dolgoztatták a trópusi éghajlathoz nem szokott yaqui hadifoglyokat.
A deportált yaquik közel háromnegyede sohasem tért vissza hazájába.
Akik túlélték a borzalmakat, azok az 1911-es mexikói forradalom után térhettek haza sonorai földjeikre, de a yaquik és a mexikói kormányzat közötti feszült, ellenséges viszony még az 1920-as években is tartott, az utolsó fegyveres összecsapásokra 1929-ben került sor.
Végül a yaquik és a mexikói kormány közötti viszony csak Lázaro Cardenas elnöksége alatt, az 1930-as években normalizálódott.
A yaquik mai lélekszáma 32.000 fő körül van Mexikóban, de vannak kisebb közösségeik az USA-beli Arizona és Texas államokban is, ahová a 19 sz. végén, 20. sz. elején a mexikói hadsereg üldözései elől menekültek.