Indián politikáját illetően már említettem, hogy az őslakos népcsoportok lassú, békés, fokozatos asszimilációjának híve volt.

 

Elnöki időszakában megszilárdult a rezervátumrendszer, valamint 1879-ben kezdte meg működését az inkább hírhedt, mint híres Carlisle-i indián iskola, ahol az őslakosok gyermekeit próbálták átnevelni keresztény, angolszász kultúrájú polgárokká.

 

Hayes elnöksége alatt még volt néhány az USA-val szemben kifejezetten ellenséges, fegyveres indián csoport is a nyugati területeken, így aztán nemcsoda, hogy ebben az időszakban is minden évre jutott 1 vagy 2 indián háború:

 

1877: ekkor zárta le a kormányzat sikerrel a nagy sziú háborút, a lakoták és északi csejennek megadták magukat és a rezervátumokba vonultak, bár Ülő Bika egy nagyobb létszámú csoporttal Kanadába menekült.

 

1877: Nez-Percé háború

 

1878: A Bannock-háború

 

1878: egy kb. 300 fős sájen csoport engedély nélkül elhagyja az oklahomai rezervátumot, hogy visszatérjen északra, a Tongue River környékére.

A hadsereg nagy erőkkel üldözi őket, több fegyveres összecsapás.

 

1879: A Sheepeater-háború.

 

1879: A White River háború az Ute (jút) törzs ellen.

 

1879 - 1880: Victorio apacs vezető gerillaháborúja Új-Mexikó déli és Texas délnyugati részén. Jelentős katonai erőket vetnek be ellenük, ennek ellenére mind amerikai, mind mexikói oldalon jelentős számú civil áldozat (összesen kb. 70-80?) és jelentős anyagi kár.

A végén a mexikói hadsereg az ellenséges apacs csoport nagy részét megsemmisíti.