A Pécs-Mohács vasút alapvetően szintén gazdasági okokból épült meg. Mohács a Duna mellett van. 1849 után a Dunán az osztrák Duna-Gőzhajózási Társaság ( DGT ) gőzhajói közlekedtek, ezeknek sok szénre volt szükségük. A cégnek Pécs mellett volt egy szénbányája 1853-tól, innen kellett a szént a mohácsi kikötőig juttatni. 

Először az osztrák vasút építette meg 1853-tól 1854-ig a 6 kilométeres Pécs-Üszög szakaszt, azután csődbe ment az állam és a DGT maga építette meg az Üszög és Mohács közti 56 kilométeres szakaszt, 1857.május 2-án adták át, eleinte csak szént szállítottak rajta, de a környező nagybirtokosok és a pécsi vállalkozók nyomására 1858. július 10-től mások áruit is szállította a vasút, a személyforgalom 1859.április 24-től indult meg.