1945-ben a háborúban az egész Déli pályaudvar elpusztult, a befutó vasútvonalak is, fokozatosan újjáépült, de a mai formáját csak nagyon hosszú idő alatt, fokozatosan nyerte el.

A mai főépület aránylag későn épült, az 1970-es években divatos építészeti stílusban.

1969–1972 között épült a 2-es metró végállomása. Kővári György  1968 - 1974  között készült tervei alapján 1970-ben megindult a pályaudvar átépítése, bővítése.

1972–1977 között húzták fel a végleges felvételi és üzemi épületet. 

1974-ben a régi épületek bontási munkálatainak során előkerült az egykori indóház alapkőletételénél használt ónhenger, melyet azóta a Közlekedési Múzeum őriz. A jelenlegi pénztár- és a várócsarnok nyugati fele néhány lépcsővel 1973-ban  a 2-es metró átadásával egy időben nyílt meg. A teljes épületkomplexum azonban csak 1975-re készült el. 

A pályaudvar vágányzata csak 1983-ban került villamosításra, korábban innen csak dízelvontatású szerelvények indulhattak.