1580-tól 1640-ig állt az ország spanyol uralom alatt, de hivatalosan ez nem megszállás, hanem perszonálúnió volt, ahol Portugália névleg megőrizte önállóságát.

A valóságban azonban ezalatt a 60 év alatt a spanyol kormányzat a portugál hajóhadat és a portugál gyarmatokat alárendelte a spanyol birodalmi érdekeknek ami sok panaszra adott okot a portugáloknak.

1640-re Portugália elveszítette hadiflottája jelentős részét, valamint a gyarmatai jó része is áldozatul esett az angol és holland tengeri terjeszkedésnek.