Az alpkérdés, hogy mi volt a hadsereg jogi státusza. Az állandó hadsereg 1740-ig császári, 1741 és 1745 között királyi (még a zászlószíneket is lecserélték fehérről zöldre), onnantól császári-királyi. Emellett voltak territoriális erők (pl. tiroli felkelés, magyar inszurrekció). Az állandó hadsereg az uralkodó személyéhez kötődött, nem pedig területhez. Még a Habsburg Monarchia összerületéhez sem. Ez egyébként 1804/6-ban változott némileg, mert a NRCS felbomlása és az Osztrák Császárság deklarálása egyben a címek területi átfedését megszüntette. Hivatalosan ugyan nem mondták ezt ki, de de facto érvényesült.

Namármost, a 17. század végéig a végvidéki kapitányságok a HKR alá tartoztak, így az uralkodó személyéhez kötődtek, mégsem tekinthetően az állandó (mezei) hadsereg részének. A 17. század végén tudomásom szerint már eltűnt a különbség a magyar királyi főkapitányság és a végvidéki kapitányság között, lényegében az előbbi megszűnt. Így a határőrkatonaság nem tartozhatott a magyar királyi szervek irányítása alá, hanem összbirodalmi volt. A helyzet a 18. század első felében megváltozott. A régi kapitányi rendszert a birodalom területén megszűntették, helyébe a főhadparancsnokságok léptek. Talán az elsőt 1702-ben állították fel, a magyarországit 1741-ben. A régi rendszer felszámolása részeként a gráci haditanács is megszűnt, az erődökben elhelyezett szabadszázadokat is feloszlatták. Ezzel párhuzamosan a határőrvidék katonaságát is ezredekbe szervezték az 1740-es évektől kezdődően, illetve a generalátusaik helyébe is főhadparancsnokságok léptek. Ezzel a határőrezredek is az állandó hadsereg részeivé váltak. Jól megfigyelhető a folyamat a tábornoki karon. Az 1750-es évektől a határőrezredektől is egyre többen érték el a tábornoki rangot, míg korábban csak akkor volt erre lehetőség, ha reguláris ezredben szolgáltak.

Tehát a végkövetkeztetés - a kérdésed szerint - a határőrök a császári félhez tartoztak (amennyiben a "királyin" a magyar hadrendszert és a területvédelmi szervezetet értjük).