A gyöknyelvészet csak a magánhangzókkal bánik (eléggé, nem teljesen) szabadon, de a mássalhangzókkal nem. A mássalhangzóknál csak az indoeurópai nyelvészetben is ismert hangváltozásokat engedi meg, mert azok az ősi mássalhangzók bizonyított rokonhangjai. Ezzel azt akarom mondani, hogy a gyöknyelvészet ragaszkodik a szó hangalakjához és minden szófejtésének ez az alapja.
A másik probléma a generatív nyelvészetből jön:
Idézlek: "Lehetne akár ádorog, államol, állorog, ülemel, ülzik, álzik stb.
Ezeknek a képzése szokatlan, de elvben semmi akadálya sincs."
Amit a magyar nyelv nem mond, soha nem mondott, azt sem elvileg, sem gyakorlatilag nem engedi meg.