Én mondjuk úgy gondoltam, hogy úgyis felülírja, de az igaz, hogy a méretének is "hajszálra" egyezni kell, emiatt logikusabb allokálatlan területre másolni.

Én mindig egyértelműen be tudtam határolni a klónozott rendszer helyes működését a környezeti változók és a Lemezkezelés betűjeleinek megnézésével és azonosításával. Egyébként később ugrott be, az offline Regedit természetesen csak az egyik megoldás az indíthatalanságra, más lehetőségek is vannak. Az fdisk /mbr parancs tud egy olyan trükköt, hogy mivel nem kompatibilis az NT-alapú rendszerekkel, a boot-rekord felülírása mellett az MBR-szektorban törli az NT Disk Signature bejegyzést is, ezáltal érvénytelenné válik a registry MountedDevices kulcsa is, tehát az mindenképpen újrakreálódik a következő boot során.

Amúgy én elintézném az egész másolást Total Commanderrel, másik Windows használatával. Vagy a DOS Ghost segítségével.