"Át lehet a syst FAT32-ről tenni a másik lemezen ha NTFS van?"

Persze, tkp. az is csak fájlok másolása. Utána ráengedc az installcédéről egy fixboot-ot, osz't havaj.

De amúgy is tanácsos (lett vóna...) a meglevőt átkonvertálni ntfs-re (simán megtehető bármikor), mert sokkal stabilabb.