"Mivel ez az időpont egybe esik azzal az 1 időponttal amikor a vonat közép vonala és a bakter is egybe esik, kiváncsian várnám a magyarázatot, hogy miárt nem azonosak az időpontok,"

A vonat rendszerében egyidejű az amikor a vonat eleje és vége a megfelelő karókhoz és a vonat közepe a karók közti szakasz felezőpontjában álló bakterhez ér.

A bakter rendszerében azonban mindhárom esemény különböző időben történik.
Először a vonat vége ér a karójához, aztán a vonat közepe a bakterhez, majd a vonat eleje a karójához.

"mikor eleve szinkronizálásra használtuk a helyzetet?"

Az, hogy azonos időpontokat olvasnak le a mozgó órákról, nem jelenti azt, hogy a leolvasások egyidejűek.
Hiszen különböző időpontokban állítják be óráikat ugyanarra az értékre.