Csak részben értek egyet. Az idézett példákkal éppen nem. Részben az
itt leírtak miatt (nem okoz félreérthetőséget a nagy kezdőbetű miatt).
Saját vélemény következik (mi más).
Amint látható, a jelenség elég rendszerszerű (intézménynevek kicsit furán viselkednek), és ez már eleve gyanús. Feltételezhetően egy olyan mögöttes alapelv működteti a dolgot, hogy a különírás jobban preferálandó, mint az egybeírás, másképp: az egybeírást ha lehet, kerüljük. Persze ez így túl általános, de az intézménynevek úgy tűnik, megtalálták a kitörési lehetőséget. Talán hasonló ilyen tekintetben a folyóiratnevek szabályai, mely szerint azokban minden szó nagybetűvel írandó. Miért? Mert tul.név, de a végeredmény mégis az, hogy a több szóból álló név minden tagja "fontos".
A hosszú összetételek kötőjeles írásmódja -- sőt, végső soron maga az egybeírás is -- voltaképp szükségmegoldás, ami az intézménynevekben nem jól venné ki magát, ezért ott megmaradnak a szavak a maguk természetes megoszlásukban, azaz különírva.
Ez alól az ügyminisztériumok kivételt képeznek, de ez sem véletlen (és nem hiszem, hogy a szervilizmus, vagy valami kézhezálló tekintélykritika a magyarázat). A minisztérium 5 szótag, a másik kettő összetételi tag meg (ugye a pénz-, bel-, kül-, had-ról van szó, amik tényleg nem tudnak 7-nél kevesebb szótagúak lenni, de több sem, vagyis megkövült formulák egy szűk, rendhagyó paradigmában) 1-1. Ez elég durva aránytalanság, és a hátam borsódzna egy olyan szörnyűségtől, mint hogy hadügy-minisztérium. Az, hogy ezek az arányok nem érdeklik a helyesírási szabályzatot, nem nagy baj, a szabályzatban sokminden nincs benne, ami benne lehetne (például máshol -- az igekötők szótagszáma többszörös összetételekben -- érdeklik).
A helyesírás azért olyan, amilyen (az én felfogásomban legalábbis így is meg lehet fogalmazni), hogy ne nézzen ki hülyén, amit leírunk. Ez azt is jelenti egyben, hogy felül lehet bírálni épp az alapelve miatt.