A legtobb TF eseten meg nem figyeltek meg tudtommal ilyenfajta oszcillaciot a koncentracioban (bar posszttranszalciosan nehezebb az ilyesmit detektalni), szvsz nem 100%, hogy egy altalanos mechanizmusrol van szo...
2005.01.13 16:01
Index Morzejelekkel kommunikálnak sejtjeink
Egy tanulmány szerint a morzejelzés nem csak a hadseregeknél alkalmazott érintkezési forma, ugyanis sejtjeink is a kód segítségével kommunikálnak. A kutatócsoport megállapítása szerint a sejtek a morzejelekhez hasonló kóddal üzennek, ha a géneket ki vagy be akarják kapcsolni - írja az Index.
A felfedezés a gyógyszeriparra lehet nagy hatással, amennyiben beigazolódik, hogy egy tabletta is képes jelezni a molekulának. A rövid és hosszú jelzések száma határozná meg, hogy milyen szándékkal küldték a jelet (csakúgy, mint a morzekommunikációban).
Transzkripciós faktorokat vizsgálják
A liverpooli egyetem Biotechnológia- és Biológiatudomány Kutatóközpontja (BBSRC) és a liverpooli királyi gyerekkórház kutatócsoportja két nagy gyógyszergyárral együttműködve folytatta le az úgynevezett transzkripciós faktorok vizsgálatát. A transzkripciós faktor az a molekula, amely a sejtekben a gének ki- és bekapcsolását szabályozza, irányítja. A kutatók úgy találták, hogy a sejtek képesek a transzkripciós faktor mennyiségében bekövetkező változásokat a morzejelzéshez hasonló módon érzékelni. Úgy vélik, a jel erőssége a legkevésbé fontos tényező, a ritmussal és a gyakorisággal szemben.
"Az ismétlődő jelek időtartama alapvető az értelmezésükhöz. Úgy tűnik, hogy a sejtek a transzkripciós faktor rezgését "olvassák le", a morzekódokhoz hasonló módon " - magyarázta Michael White professzor, a liverpooli kutatás vezetője.
Ti-tá-tá-ti
A kutatók azzal a transzkripciós faktorral foglalkoztak (NF-kappa B elnevezésű molekula), amely a sejtosztódás és a sejtelhalás folyamatait szabályozza. Eredményeik alapján bizonyítottnak vélik, hogy a jelző molekulák különböző frekvencián különböző üzeneteket küldenek.
"A felfedezésünk új utakat nyithat a gyógyszerkészítők számára, amennyiben a jövőben tablettákkal le tudjuk kopogtatni a jelzőmolekulák számára az üzenetet. Jelentős lépés lehet, hogy a molekula pontosan azokat a géneket blokkolja, amit akarunk" - nyilatkozta Douglas Kell, a kutatócsoport egyik tagja.
"A Solvo sikerterméke az utóbbi években kifejlesztett, úgynevezett ABC-fehérjéket vizsgáló módszer. Ennek segítségével azt állapíthatják meg, hogy a vegyületek hogyan szívódnak fel, illetve oszlanak el a szervezetben. Használata kivált sok állatkísérletet, és lerövidíti a hatékony gyógyszervegyületek vizsgálatának tesztelési idejét is, így a gyógyszergyárak számára sokkal olcsóbbá teszi a munkafolyamatot. Ilyen megoldása a világon egyedül a Solvónak van, így nem meglepő, hogy vevői közé tartozik a világ tíz legnagyobb gyógyszergyára. A Solvo az idén mintegy kétmillió dollár árbevételt remél gyógyszeripari tesztrendszerek eladásából. "
mas adatok szerint viszont a ßamiloid feherjenek is szerepe van a korsag kialakulasaban. ha maskent nem, ha azert, mert stabilizalja a lerakodott dzsuvat. meg a direkt toxikus hatasat is kimutattak. mondjuk ugy, hogy valoszinuleg nemcsak 1 dolog kell a betegseg kialakulasahoz.
St. Louis, 2005. januĂĽr 21. (MTI/AP) - Az Alzheimer-kĂłr okozta jellegzetes proteinlerakĂłdĂĽsok eltĂĽvolĂtĂĽsĂĽval vĂgeztek bĂztatĂłnak mondott kĂsĂrleteket a kĂłr lekĂzdĂse ĂrdekĂben a St. Louis szĂkhelyĹš Washingtoni Egyetem kutatĂłi, akik a Journal of Clinical Investigation cĂmĹš tudomĂĽnyos folyĂłirat februĂĽri szĂĽmĂĽban kĂzĂlt tanulmĂĽnyuk szerint lehetsĂgesnek tartjĂĽk, hogy az eljĂĽrĂĽs embereken is alkalmazhatĂł lesz.
Az ugyan mĂg nem bizonyĂtott, hogy az Amyloid Beta Peptide elnevezĂsĹš fehĂrjecsomĂłk Alzheimert idĂznek elĹ‘, de az agyban kĂpzĹ‘dĹ‘ ilyen lerakĂłdĂĽsok jellemzĹ‘ek az Alzheimer-kĂłrban szenvedĹ‘ betegekre.
A kutatĂłk kĂsĂrletĂk sorĂĽn olyan szerrel oltottĂĽk be az egereket, amely eltĂĽvolĂtotta a lerakĂłdĂĽst Ăs azt figyeltĂk meg, hogy az agyi idegsejtek duzzanata gyakran napokon belĂl lelohadt, s nem egyszer mĂĽr nĂhĂĽny nap elteltĂvel teljesen helyreĂĽllt az agyi struktĂşra - Ărta Dave Holtzman, a tanulmĂĽny szerzĹ‘je. RĂĽmutatott ugyanakkor, mĂg tovĂĽbbi kĂsĂrletek szĂksĂgesek ahhoz, hogy biztos kĂvetkeztetĂsre juthassanak az emberi sejtek viselkedĂsĂt illetĹ‘en.
Holtzman azt is leszĂgezte, hogy az egerekkel folytatott kĂsĂrlet eredmĂnye szĂksĂgessĂ teszi az Alzheimerre jellemzĹ‘ lerakĂłdĂĽsok szerepĂnek ĂĽtĂrtĂkelĂsĂt. Eddig ugyanis Ĺ‘ maga is a sejtek maradandĂł kĂĽrosodĂĽsĂĽnak tekintette a lerakĂłdĂĽsokat, de mĂĽr szĂĽmos jel arra utal, hogy a lerakĂłdĂĽs nemcsak elĹ‘idĂzi a kĂĽrosodĂĽst, hanem tevĂkeny szerepet jĂĽtszik annak fenntartĂĽsĂĽban is.
Az egerek idegsejtjeinek gyors regenerĂĽlĂłdĂĽsa a lerakĂłdĂĽs eltĂĽvolĂtĂĽsa utĂĽn pedig arra utal, hogy a sejtek folyamatosan tĂrekedtek eredeti struktĂşrĂĽjuk visszanyerĂsĂre.
Dr. Sam Gandy philadelphiai ideggyĂłgyĂĽsz "nagyon izgalmas haladĂĽsnak" nevezte a felfedezĂst.
Persze, egereknél egy sor emberi betegség egyáltalán nem modellezhető, ezt a (44)-ben linkelt cikk korrektül megfogalmazta. Egyik legnagyobb gátja a kutatásoknak.
az alzheimerben plakkok alakulnak ki, aminek a pontos mechanizmusa nem ismert. de hiaba allitottak elo az emberi genekkel felszerelt egereket, akkor sem sikerult kivaltani igazan hasznalhato szindromat. es amennyire tudom, egyedul az epilepszia, ami jol vizsgalhato egeren. azok a kis butak az autoimmun betegsegeket sem ismerik.
Valószínűleg mert túl rövid az életciklusuk. Embereknél, ha elég hosszú ideig élnek, mindenkinél kialakul valamilyen mértékű alzheimer és/vagy parkinson kór szerű tünet. A dopamintermelő neuronok aktivitása az agyban egyenletesen csökken mindenkinél, de egy átlagembernél csak ~100-110 éves kor körül esne a kritikus 30% alá, ahol a parkinson betegség tünetei jelentkeznek. Kérdés mi lenne akkor ha gyógyszeresen - fiatalkortól kezdve - lelassítanánk ezt a csökkenést, ez ugyanis már ma is lehetséges.
Remegés, elbutulás, mozgáskoordinációs képesség általános gyengülése amúgy általános jelenségek mindenkinél 60 év fölött, csak a mértékük eltérő. Régen viszont amikor átlag 30-50 évnél nem nagyon éltek tovább, ezek szinte ismeretlen betegségek voltak.
az egerek pl. meglehetost mentesek az ilyen emberi idegi nyavajaktol. alzheimer sincs bennuk, mert elegge elter eppen ezena ponton a genomi szekvencia.
"Megtaláltuk például a skizofréniáért felelős gént, és minden bizonnyal ez volt a legizgalmasabb tudományos projekt, amelyben részt vehettünk. De nem validálhattuk a gént, mert nem találtuk meg a megfelelőjét egerekben."
Ezt eleszton kivul mas fajokbanis probaljak, bar a legotletesebb regain teszteles amirol hallottam, az gyogyszer alapu: a legtobb gyogyszergyarnak van egy vagon megszintetizalt, de nem hasznalt molekulaja, es ezek hatast screenelik egy-egy mutaciora.
egy eloadason hallottam kb fel eve, hogy valakik mar a yeast double KO libraryn dolgoznak. igy lehetoseg lesz a szimultan letalis es regain of function mutaciok vizsgalatara is. igy jobban be lehet korlatozni, hogy melyik genek vannak azonos pathway-en.
"Könnyen belátható, hogy pl. a motor számos elemének az eltávolításakor egyszerűen azt fogjuk találni, hogy az autó motorja nem indul be"
Az lehet, hogy az auto nem indul be, de ha valammennyire mar ismered az auto nehany elemet es azoknak a mukodeset, akkor meg tudod nezni, hogy ami piszkalasod okakent azok sem mukodenek, vagy ott meg minden rendben van. (Magyaran: az utvonalban elobb vagy kesobb van.) Kulonben azert santit az analogia, mert nem arrol van szo, hogy be kell inditani az autot, az auto mar megy, es Te vagy kiveszel egyes reszeket (ami az auto leallasahoz vezethet), vagy tulporgetsz masokat (ami ugyancsak vezethet lealalshoz, de gyakran kevesbe egyertelmu a hatas, pl. ha nincs aku a kocsiban abbol egyertelmubb a szerepe, mint ha ketto vagy harom van az egy helyett....) .
"Esszenciális gének vizsgálatára azonban a LoF mutációk alkalmatlanok."
1. Oke, akkor Te mit tekintesz "esszencialisnak"? 2. A GoF alapu megkozelitessel az a baj, hogy utanna az izzadhat az ember amig bebizonyitja, hogy nem artefaktum (olyan ertelemben, hogy a GoF valami olyasmit mutat amit a gentermek tehet, de valojaban normal korulmenyek kozott nem tesz. - pl. van olyan molekula amely tulexpresszalva morfogen tulajdonsagokkal rendelkezik, azonban egy fejlodo embrioban a jelek szerint nem morfogenkent mukodik. Marpedig GoF megkozelitessel az elobbi kovetkeztetesre jutnal.... Ezert nem eleg, ha egy uj gent klonozol es egy mRNS tulexpresszalo kiserletet vegzel a tulajdonsagai felderitesere, hanem majd minden reviewer kerni fog valamilyen knock-downt.)
"A zebrahalon valójában csak a gének egy kis részét tudod vizsgálni az RNAi módszerrel." Azonnal szolj, ha mar csak egy kicsit is tudsz vizsgalni, mert van egy Nature Biotechnology cikkunk ;-))). A viccet odebb tolva: a halon valamiert bitang nehez ezt csinalni, bar probaljak, de mivel a morpholinok eleg jol mukodnek, nem is egeto.
"A LoF mutációk azonban sokszor nem hasznosak. A GoF típúsú mutációk tanulmányozásával sokszor sokkal tovább lehet jutni a gén funkciójának megismerésében." Lasd 2. pont.
"A mutagenezis nem macerás, de a mutánsok térképezése iszonyú idő és pénzigényes még a modern módszerekkel is." A genom projectekkel ez csokkent. Ha sikerul lecsokkenteni a tavolsagot kb 0.5cM-re, akkor mar lehet jelolteket keresgelni forditott genetikaval.
"De nem célotok, hogy 1, a genomot mutációkkal telítsétek, még egy adott típusú mutációra sem. . 2, valamennyi gén funkciójáról információt szerezzetek"
1. Nem igaz, van olyan gen, amibol harom-negy allelt lehet igy izolalni. Ha tobb kell, akkor ott van a TILLING, ami maceras, de jobb megoldas egyelore nincs.
2. Ilyen project, amirol irsz nincs. Azert nincs, mert nincs az az alapitvany/allami aki ilyen koltsegu dolgot tamogatna. Ha _valamennyi_ gen funkciojarol akarnal tudomast szerezni, akkor minden egyes allatod genomjat meg kellene szekvenalni es osszehasonlitani, hogy megtudd hordoz-e mutaciot (es ha igen, akkor tovabb vizsgalva megkeresni, hogy mit okoz a mutacio) es ezt addig folytatni amig mind a tobb tizezer mutans vonalad nem lesz meg. Minden mutagenezis screenben van annyi szubjektivitas ("mazsolazgatas"), hogy az screen felugyeloi az elejen meghatarozzak a kategoriakat, amelyeket figyelnek az F3-ban majd. Ez lehet viselkedesi mintazat, egyertelmu fejlodesi rendellenesseg, genexpresszios valtozas, metabolizmus problema stb. De valamilyen kriteriumot kell valasztani, kulonben nincs hogyan izolald a mutansaidat. Kulonben a mutagenezis screenek soran altalaban mindig van egy becsles, hogy mennyire sikerulhetett "teleloni" a genomot (a vizsgalt csaladok es az izolalt mutansok szamabol erre lehet statisztikailag kovetkeztetni).
Egy példa, hogy kicsit közértherőbb legyen a GoF és a LoF mutációk közötti különbség.
Az űrből jövünk földönkívüliként és találunk egy autót (genom), amely rengeteg alkatrészből (gén) áll. Az autót úgy is vizsgálhatjuk, hogy egy-egy alkatrészt kiszedünk (LoF), és vizsgáljuk a maradék működését. Könnyen belátható, hogy pl. a motor számos elemének az eltávolításakor egyszerűen azt fogjuk találni, hogy az autó motorja nem indul be (letális mutáció), azaz nem jutunk közelebb az egyes alkatrész szerepéhez. Ilyenkor az adott alkatrészeket meg kell próbálni buherálni, kilazítani etc (GoF), és ha az embernek szerencséje van, a motor beindul és valami tipikus tünetet ad, amelyből következtetls vonható le.
A leaky mutációk két fő tipusba tartoznak. Az egyik a gyengített promóter típusú mutáció, a másik pedig a kazettás mutagenezis során tapasztalt új transzlációs iniciációs pont kialakulása. Ez utóbbi is valós veszély, olyannyira, hogy számos E.coli KO-ról derült ki, hogy valójában nem is KO.
Az egyetlen biztos módszer a gén teljes eltávolítása a genomból. Ezért a loss-of-function típúsú mutációkra a legbiztosabb módszer a KO előállítás, amely már a főbb modellorganizmusokban (E.coli, S. cerevisiae, M. musculus. C. elegand, D. melanogaster, A. thaliana?) megoldott.
Az RNAi módszer előnye, hogy olcsó, és gyorsan kivitelezhető.
Esszenciális gének vizsgálatára azonban a LoF mutációk alkalmatlanok.
"En zebradanion dolgozom, es a morpholinok hasznalata teljesen elfogadott, bevett modszer; a termeszetes mutaciok nagy resze 100%-osan masolhato, raadasul sokkal egyszerubb az anyai "uzenet" hatasat vizsgalni, mint idoigenyesen eloallitani egy "anyai-zigotikus" vonalat, ami fenntartasa kulonosen trukkos lehet, bar ketsegtelen, hogy megvannak a maga elonyei."
A zebrahalon valójában csak a gének egy kis részét tudod vizsgálni az RNAi módszerrel. Ne tévesszen meg az, hogy valójában te zömmel olyan géneket vizsgálsz, amelyek vizsgálatára alkalmas az RNAi technológia. Gondolom developmental biology. A "developmental" gének azonban csak csepp a genom géntengerében.
A LoF mutációk azonban sokszor nem hasznosak. A GoF típúsú mutációk tanulmányozásával sokszor sokkal tovább lehet jutni a gén funkciójának megismerésében. Ilyen mutcáiók előállítására viszont leginkább a pontmutációkat okozó ágensek (kémiai szerek, esetleg UV) alkalmasak, amelyek nem csak az információ mennyiségét, hanem annak minőségét is megváltoztatják.
A mutagenezis nem macerás, de a mutánsok térképezése iszonyú idő és pénzigényes még a modern módszerekkel is.
""Olyan sokba kerülnek ezek, hogy ilyesmit gyakorlatilag csak nagy országok nemzeti szintű projektjei tudnak felvállalni. Több ilyen mutagenezis screen is zajlik ma a világban.""
"Ez eros tulzas. Nalunk az egyetemen is fut egy mutageneis project, es mindossze 4 labor osszefogasan mult. Ami kell hozza, az ido, na meg helyseg, hogy legyen hol tartani az F1, F2 es F3 nemzedekeket amig beazonositjuk a minket erdeklo mutaciokat."
A ti mutagenezis projektetek nem egy általános mutagenezis projekt, hanem csak mazsolázgatás. Egyszerűen létrehoztok valahány mutánst, és remélitek, hogy olyan mutációkat kaptok, amelyeket fel tudtok használni egy adott kérdés vizsgálatához.
De nem célotok, hogy
1, a genomot mutációkkal telítsétek, még egy adott típusú mutációra sem. .
2, valamennyi gén funkciójáról információt szerezzetek
Én természetesen ez utóbbi típusú screenekre gondoltam.
