Mind a cseh, mind a szlovák egyaránt első szótagi erősségi hangsúlyt használnak, csakúgy mint a magyar. Ebben tahát nincs különbség. Ami van, az elsősorban hangtani, másodsorban a nyelvtant, illetve a szókészletet illeti. Plasztikusan -- bár a valóságnak nem egészen megfelelően -- úgy lehetne jellemezni a két nyelv viszonyát, hogy az ócsehhez képest a szlovák a nyelvtant cserélte le, a cseh viszont a hangokat változtatta meg, a ócseh kvázi szlovák kiejtésben beszélt cseh :). A két nyelv távolság nyelvészeti szempontból minimális, két analógiával mutatható be: a magyar és a csángó, ill. a brit és az amerikai angol viszonyával. A megértés kölcsönös (szóban is), bár a szlovákok jobban értik a csehet két okból: (1) az evangelikus szlovákoknak a XX. sz. elejéig a králicei biblia -- kissé szlovakizált -- cseh nyelve (az ún. bibličtina) volt a liturgikus nyelve, (2) a közös cseh-szlovák államban a közös elektronikus média nyelv elsősorban a cseh volt.
A főbb különbségek (nem teljes lista), melyek közül egyesek jóval a X. sz. előttre datálhatók:
* A szlovákban la-, ra- szókezdet van a cseh lo-, ro- helyett (ez egy délszláv sajátosság a szlovákban, amelynek gyökerei a magyarok bejövetele előttre vezetnek), vö. szlk. rastlina ~ cs. rostlina 'növény', szlk. lakeť ~ cs. loket 'könyök' (az olyan szlovák szavak mint robiť 'csinál' cseh jövevények).
* Az olyan hanghosszbeli különbségek -- amelyek az ősszláv zenei hangsúly eltérő felváltására utalnak, mint szlovák rana ~ cseh rána 'seb (e.sz. alanyeset)', ill. szlk. rán ~ cseh ran 'seb (t.sz. birtokos eset)'
* A szlovákban a régi jerek helyén e, o, a van (ill. ezek hosszú ie, ô, á/ia párjai), míg a csehben egységesen e, vö. szlk. ovos ~ cs. oves 'zab'
* Az ősszláv orrhangú ę a szlovákban ajakhang után nyílt ä-vé lett egyébként pedig zárt e-vé, a csehben viszont a-t adott (melyet a přehláska -- ld. később -- miatt e-vé lehetett), vö. szlk. mäso ~ cs. maso 'hús' (N.B. Itt az ä a közös ősi állapot, a többi ebből vezethető le.)
* Az őszláv jaty helyén a szlovákban hosszú szótagban ie kettőshangzó, rövid szótagban e van, a csehben hosszú szótagban í, rövid szótagban ě /lágyító e, ill. je/, vö. szlk. miera ~ cs. míra 'mérték', szlk. sneh ~ cs. sněh 'hó (csapadék)'.
* Az ősszláv *dj helyén a szlovákban -- a lengyelhez hasonlóan -- dz van, míg a csehben z, vö. szlk. medzi ~ cs. mezi 'között, közé'.
* A csehben lejátszódott az ún. přehláska, vi. lágy magánhangzók után bizonyos mély magánhangzók magassá lettek: a > ě, u > i, aj > ej, vö. szlk. duša ~ cs. duše 'lélek', szlk. ľud ~ cs. lid 'nép', szlk. daj ~ cs. dej 'adj'
* A csehben a szótagképzó l mássalhangzó csak ajakhang után maradt meg, máskor lu hangkapcsolat áll helyette, vö. szlk slnce ~ cs. slunce 'nap (égitest)'
* A szlovákban megmaradtak a hosszú szótagképző ŕ, ĺ mássalhangzók, a csehben megrövidültek (vagy a feloldó magánhangzó hosszában tükröződik), pl. szlk. vŕba ~ cs. vrba 'fűz(fa)', szlk. stĺp ~ cs. stoup < *stloup 'oszlop'
* A csehben a lágy r'-ből ř /rzs/ hangkapcsolat lett, míg a szlovákban kemény r-rá vált, vö. szlk. rieka ~ cs. řeka (az ie ~ e változást a 2. és a következő pont együttese okozza)
* A régi hosszú é és ó helyett a szlovákban ie és ô /uo/ kettőshangzók vannak, eredetileg a csehbe is ez volt, de ott továbbfejlődött í-vé és ů /ú/-vá, vö. szlk. hriech ~ cs. hřích 'bűn', szlk. kôń ~ cs. kůń 'ló'. A csehben esetenként a hosszú ú is megváltozott ou ketttőshangóvá, vö. szlk. kúpiť ~ cs. koupit 'vásárol'.
* A csehben az e előtti d, t, l, n mássalhanagzók megkeményedtek, kivéve, ha az e helyén eredetileg jaty volt (ld. föntebb), de ezt a mai helyesírás ě-vel jelöli, vö. szlk. deń /gyëny/ ~ cs. den /dën/ 'nap (24 óra)'
* A szlovákot jellemzi az ún. ritmikai törvény: kevés kivétellel -- hosszú magánhangzót vagy kettőshangzót tartalmazó -- hosszú szótagot nem követhet hosszú szótag, ekkor a második szótag magánhangzója megrövidül, vö. szlk. biely ~ cs. bílě 'fehér'.
* A szlovákban a jelenidejű E/1. igerag mindig -m, míg a csehben ezt a paradgma határozza meg (lehet -u és -i is), vö. szlk. nesem ~ cs. nesu 'viszem'.
* A csehben megmaradt a képzett feltételes mód, míg a szlovákban analitikussá vált, vö. szlk. by som ~ cs. bych '-nék'
* A szlovák elhagyta a főnév és igeragozás során az i, ě/e előtt fellépő k > c, h > ž, ch > ś (d > z, t > c, s > ś) stb. mássalhangzóváltozásokat a hímnemű élő főnevek t.sz. alanyesete kivételével, de itt a ch a csehhel ellentétben nem ś-et, hanem ś-et ad, vö. szlk. oslobodený ~ cs. osvodozený 'felszabadult', szlk. Česi ~ cs. Češi 'csehek'
* A szlovákban a főnévi igenév jele mindig rövid és lágy -ť, míg a csehben az irodalmi nelyvben a hosszú -ti, a koznyelvben a rövid kemény -t járja. A szlovákban a határozói igenév egyalakú, míg a[z irodalmi] csehben nemtől és számtól függő alakjai vannak.
* A szlovákban a hím- és semlegesnemű főnevek e.sz. eszközhatározó esete -- délszlávos -om -- a cseh -em-mel szemben. A hímnemű élő t.sz. alanyeset egyik jellegzetes ragja a szlovákban -ia, míg a csehben -é, valamint a szlovákban a hímnemű élő főnevek többes térgyesete egybeesett a többes birtokesettel (a csehben külön tárgyeseti alakok vannak).
* A szlovákban csak egy-két hímnemű főnévnek maradt meg a saját megszólítóesetű alakja.
* A mellékneveknél jellegzetes szlovák sajátosság, hogy többes számban nemtől függetlenül ragozódnak, míg a csehben nemenként eltér a toldakékolás. A szlovák a birtokos mellékneveknél nem szabályos melléknévi, hanem sajátos névmásihoz hasonló ragozást használ.
* A szlovákban a birtkos igevonzatok többsége tárgyasetűvé lett.
* A szókészlet esetén jellemzőek a hungarizmusok: pl. banovať 'bán, szán', gombík 'gomb', kefa 'kefe', vykynožiť 'kiirt' [< m. kín(oz)], a lengyel párhuzamok: pl. pre(-) '-nak/nek, számára; át-', teraz 'most' és az egyéb szlovakizmusok: pl. bozkať '(meg)csókol', dosiaľ 'eddig, ez ideig', kým '(a)míg', keď 'ha; amikor', nakoľko 'amennyire, amennyiben', iba 'csak', hoci '(ám)bár; akár'.
Vannak hamis barátok is a csehvel, vö. néhány itt.