Egyrészt úgy tudom, a ra kisebbre tömörít. (HOgy hány fájlig bírja, azt már nem tudom. :)

Másrészt az valszeg megoldás lehet, h betömöríted az első 45000 fájlt, betömöríted a másodikat is, mindezt persze két külön fájlba, és ennek a műveletnek a végeredményére szabadítod rá ismét a zipet.