Azt hiszem most a GAIA elmélettel kapcsolatban is sokan beleesnek egy olyan csapdába, ami a természettudományok és a vallások, filozófiai rendszerek kapcsolatánál elég gyakran elő szokott fordulni (ld. még leggyakrabban: evolúció viszonya a vallásokhoz)

Szóval a tudományos elméletek (márha nem vagy pozitivista) nem azt állítják, hogy az elméletek a valóságot tükrözik, csupán annyit, hogy az elmélet a valóságos folyamatok egy jól használható modelljét adják, függetlenül attól, hogy mennyi közük van a tényleges folyamtokhoz, illetve még inkább a folyamatok értelméhez.

A GAIA elmélet is egy ilyen dolog. Az két megközelítés, tehát a környezeti feltételekhez való alkalmazkodás, illetve a GAIA féle önnfenntartó rendszer abszolút nem zárják ki egymást, csupán arról van szó, hogy a két modell eltérő célokra használható.
Az alkalmazkodási modellből az egyes élőlények, fajok, fejlődését, szaporodását lehet jól vizsgálni, míg a GAIA modell a teljes makrorendszer vizsgálatához használható.

Maga a tudományos elmélet összesen ennyit mond. Ettől függetlenül a GAIA-nak, illetve az elméletnek, adhatsz transzcendens értelmet is, (tehát valami olyat, hogy a valóság működésének megfigyelt állapotának értelme pontosan a GAIA szerű működés, és a többi modell, megfigyelés az csak ez alá rendelődhet) de ekkor ez már kívül esik a tudomány körén, és hitté válik. - Ettől persze még érdekes marad a dolog.