Én már többször műveltem ilyet, élő rendszeren (nagy levegővétel után), és eddig még mindig túlélte.
Hacsak nincs váratlan áramszünet-veszély, nagy baj nem történhet. PQM elég megbízhatónak és stabilnak tűnik, az remélhetőleg nem pusztul el munka közben, ha a gép nem áll meg alatta.

Amit előtte érdemes megcsinálni (fontos adatok lementésén túl), az egy alapos defragmentálás, hogy az adatok a beszűkíteni kívánt partíció elejére kerüljenek (bár ezt valszeg a PQM is megcsinálja, de ha az OS defragje során száll el a gép valami miatt, az valszeg kevsebb kárt okoz, mint ha egy épp módosítás alatt álló partíció esetén, és maga a módosítás is gyorsabban le fog zajlani úgy).