Linux-windows egymás mellett: mai vasak és rendszerek terén kevés a tapasztalatom. Ha jól emlékszem, a céges hp notebookon meg egy régebbi desktop gépen voltak gubancok a párhuzamos létezésből, de  csak úgy, hogy  sima reboottal nem kehetett egyik rendszerből a másikba menni, kellett egy áramtalanítás. Egy olyan konkrét emlékem van, hogy linuxból Windows-ba rebootolva következetes úgy lelassult a gép, mintha kikapcsoltam volna a processzor cache-t (akkoriban ilyet is lehetett a biosban). Ha linux reboot linux volt a menetrend, vagy Windows reboot linux, akkor normálisan működött.  Szóval nem lehetetlen, hogy mostanság is vannak ilyen apróságok.

Ellenben azt kizártnak tartom, hogy a Windows jelenléte önmagában gondot okozzon a  linuxodnak.